Effective results for Myxococcus xanthus DK 1622 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 910
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 149 eukaryotic-like domains, contained in 910 proteins (72 high, 838 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
246197.MXAN_4529(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF14765) (PF08659) (PF00109)(mitochondrial)
246197.MXAN_4297(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF14765) (PF08659) (PF00109)(ER)
246197.MXAN_4292(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF14765) (PF08659) (PF00109)mitochondrial; (mitochondrial)
246197.MXAN_3935(PF02801) (PF14765) (PF13745) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00668) (PF00109)(mitochondrial)
246197.MXAN_4299(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF14765) (PF08659) (PF00668) (PF00109)
246197.MXAN_4402(PF02801) (PF00698) (PF13745) (PF00550) (PF16197) (PF00668) (PF00109)
246197.MXAN_3620(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)(ER)
246197.MXAN_4527(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF14765) (PF08659) (PF00109)
246197.MXAN_4526(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF14765) (PF08659) (PF00109)
246197.MXAN_4528(PF02801) (PF14765) (PF00550) (PF16197) (PF00698) (PF08659) (PF00109)
246197.MXAN_4001(PF02801) (PF00698) (PF13745) (PF00550) (PF16197) (PF00668) (PF00109)
246197.MXAN_2798(PF02801) (PF14765) (PF00550) (PF16197) (PF00698) (PF08659) (PF00109)
246197.MXAN_4415(PF02801) (PF00698) (PF13745) (PF00550) (PF16197) (PF00668) (PF00109)
246197.MXAN_3779(PF02801) (PF00698) (PF13745) (PF00550) (PF16197) (PF00668) (PF00109)
246197.MXAN_4530(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF14765) (PF08659) (PF00109)
246197.MXAN_3635(PF02801) (PF00698) (PF13745) (PF00550) (PF16197) (PF00668) (PF00109)
246197.MXAN_3619(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)(mitochondrial)
246197.MXAN_4298(PF02801) (PF14765) (PF00550) (PF16197) (PF00698) (PF08659) (PF00109)
246197.MXAN_4077(PF02801) (PF14765) (PF00550) (PF16197) (PF00698) (PF08659) (PF00109)
246197.MXAN_3932(PF02801) (PF14765) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)(mitochondrial)
246197.MXAN_4525(PF07993) (PF00668) (PF00550) (PF13745)mitochondrial; (mitochondrial)
246197.MXAN_3462(PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF14765) (PF08659) (PF00109)
246197.MXAN_4300(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
246197.MXAN_3631(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
246197.MXAN_3933(PF02801) (PF14765) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
246197.MXAN_3936(PF02801) (PF14765) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
246197.MXAN_3621(PF16197) (PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF00109)
246197.MXAN_1291(PF00668) (PF00550) (PF13745)(mitochondrial); mitochondrial
246197.MXAN_1324(PF07719) (PF13432) (PF14559)ER
246197.MXAN_0585(PF10569) (PF00207) (PF01835)ER
246197.MXAN_3630(PF16197) (PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF00109)
246197.MXAN_3634(PF00668) (PF00550) (PF13745)mitochondrial; (mitochondrial)
246197.MXAN_3333(PF00158) (PF02954) (PF00498)(mitochondrial); plastid
246197.MXAN_3938(PF02801) (PF00109) (PF16197) (PF08659) (PF00550)
246197.MXAN_6245(PF02494) (PF13418) (PF01344)(mitochondrial); plastid
246197.MXAN_2417(PF10569) (PF00207) (PF01835)mitochondrial; (mitochondrial)
246197.MXAN_3952(PF00158) (PF02954)ER
246197.MXAN_3344(PF13432) (PF13174)ER
246197.MXAN_4313(PF00149) (PF02872)ER
246197.MXAN_5476(PF00675) (PF05193)mitochondrial
246197.MXAN_5868(PF02801) (PF00109)(ER)
246197.MXAN_5454PF02128 (PF02010)ER
246197.MXAN_4020(PF00158) (PF02954) PF16697(mitochondrial)
246197.MXAN_0931(PF00512) (PF00498)mitochondrial
246197.MXAN_0939(PF13598) PF13600ER
246197.MXAN_1922(PF13432) (PF13174)ER
246197.MXAN_3564PF02128 (PF07504)(ER); ER
246197.MXAN_6134(PF13418) (PF13415)ER
246197.MXAN_1942(PF13428) (PF13432) (PF13174) (PF14559)
246197.MXAN_7249(PF00176) (PF00271)(mitochondrial)
246197.MXAN_5499(PF13432) (PF14559)mitochondrial; (mitochondrial)
246197.MXAN_5265(PF01344) (PF07250)(mitochondrial)
246197.MXAN_2579(PF00149) PF14008ER
246197.MXAN_2902(PF00158) (PF02954)(mitochondrial)
246197.MXAN_1921(PF07719) (PF13428)ER; (mitochondrial)
246197.MXAN_4601(PF00668) (PF00550) (PF13745)(ER)
246197.MXAN_5361(PF00149) (PF02872)ER
246197.MXAN_1624(PF00675) (PF05193)ER
246197.MXAN_5999(PF01344) (PF13418)mitochondrial
246197.MXAN_5837(PF00932) PF08434ER
246197.MXAN_2159(PF00158) (PF02954) PF16697(ER)
246197.MXAN_2092(PF00675) (PF05193)ER
246197.MXAN_2091(PF00675) (PF05193)ER
246197.MXAN_5325(PF00149) (PF02872)ER
246197.MXAN_4869(PF13432) (PF14559)ER
246197.MXAN_4301(PF02801) (PF16197) (PF00550) (PF00109)
246197.MXAN_2859(PF00176) (PF00271)(mitochondrial)
246197.MXAN_4825(PF07724) (PF10431)(mitochondrial); (plastid)
246197.MXAN_7274(PF00176) (PF00271)ER
246197.MXAN_2974(PF00207) (PF01835)ER
246197.MXAN_2610PF12371 (PF15780)ER
246197.MXAN_0613(PF04734) (PF17048)ER
246197.MXAN_1528(PF07993) (PF00550) (PF03015)(plastid)
246197.MXAN_6312(PF13432) (PF00069)(mitochondrial)
246197.MXAN_0940(PF13598) PF13600ER
246197.MXAN_4447(PF13432) (PF14559)ER
246197.MXAN_0792(PF00675) (PF05193)ER
246197.MXAN_0791(PF00675) (PF05193)mitochondrial
246197.MXAN_2661(PF00149) (PF02872)ER
246197.MXAN_6145PF02128 (PF07504)(ER)
246197.MXAN_4639(PF13432) (PF14559)ER
246197.MXAN_4138(PF01739) (PF13432)(mitochondrial)
246197.MXAN_4813(PF07724) (PF10431)mitochondrial
246197.MXAN_0317(PF00487)ER
246197.MXAN_6414(PF00512)ER
246197.MXAN_2290(PF13948)ER
246197.MXAN_0126(PF09587)ER
246197.MXAN_0128(PF11617)ER
246197.MXAN_5800(PF01833)ER
246197.MXAN_4086(PF00149)ER
246197.MXAN_6753(PF13091)(mitochondrial)
246197.MXAN_0805(PF00413)ER
246197.MXAN_2840(PF00069)(mitochondrial)
246197.MXAN_4561(PF13432)ER
246197.MXAN_4197(PF00512)(ER); (mitochondrial)
246197.MXAN_6595(PF13432)ER
246197.MXAN_3855(PF00487)(mitochondrial); plastid
246197.MXAN_4856(PF13205)ER
246197.MXAN_1484(PF07724) (PF10431)(mitochondrial)
246197.MXAN_0353(PF00158) (PF02954) PF16697
246197.MXAN_7363(PF00512)ER
246197.MXAN_7360(PF08309)ER
246197.MXAN_7361(PF08309)ER
246197.MXAN_2677(PF00413)ER
246197.MXAN_6015(PF00512)(mitochondrial)
246197.MXAN_5661(PF14559)ER
246197.MXAN_1742(PF00487)ER
246197.MXAN_0168(PF00512)ER
246197.MXAN_7199(PF13205)ER
246197.MXAN_2470(PF02872)(ER)
246197.MXAN_5122(PF01564)ER
246197.MXAN_1350(PF00512)ER
246197.MXAN_5051(PF12158)ER
246197.MXAN_5220(PF00730)(mitochondrial)
246197.MXAN_6960(PF01739)ER
246197.MXAN_3643(PF07993) (PF00668) (PF00550)
246197.MXAN_6382(PF00498)ER
246197.MXAN_4778(PF00512)ER
246197.MXAN_6948(PF01739)(ER)
246197.MXAN_6941(PF00512)ER
246197.MXAN_5200(PF13646)ER
246197.MXAN_7222(PF01344)ER
246197.MXAN_3343(PF00512)ER
246197.MXAN_3838(PF13646)ER
246197.MXAN_4006(PF13365)ER
246197.MXAN_1397(PF13646)ER
246197.MXAN_3710(PF00069)mitochondrial
246197.MXAN_0907(PF00158) (PF02954) PF16697
246197.MXAN_0448(PF00782)(mitochondrial); (plastid)
246197.MXAN_6075(PF00271)mitochondrial
246197.MXAN_6076(PF00149)(ER)
246197.MXAN_2776(PF07719) (PF13432)(plastid)
246197.MXAN_2779(PF00512)ER
246197.MXAN_4002(PF00668) (PF00550) (PF13745)
246197.MXAN_4000(PF00668) (PF00550) (PF13745)
246197.MXAN_7200(PF00932)ER
246197.MXAN_0603(PF00158)mitochondrial
246197.MXAN_7059(PF00512)mitochondrial
246197.MXAN_0934(PF13365)ER
246197.MXAN_0938(PF00512)ER
246197.MXAN_2790(PF13365)(ER)
246197.MXAN_2791PF12388(ER)
246197.MXAN_4937PF12947 (PF13948) PF07645
246197.MXAN_4243(PF03544)(ER)
246197.MXAN_1687(PF12158)ER
246197.MXAN_1688(PF03544)mitochondrial
246197.MXAN_4475(PF00271)mitochondrial; (mitochondrial)
246197.MXAN_3796(PF03544)ER
246197.MXAN_2221PF12388ER
246197.MXAN_2551(PF11617)ER
246197.MXAN_5799(PF13418)ER
246197.MXAN_5797(PF13646)ER
246197.MXAN_4267(PF08540) (PF01154)(ER)
246197.MXAN_4262(PF00512)ER
246197.MXAN_1234(PF00069)(mitochondrial)
246197.MXAN_2596(PF00069)(ER); (mitochondrial)
246197.MXAN_3095(PF00158) (PF02954) PF16697
246197.MXAN_3325(PF00163)mitochondrial
246197.MXAN_3329(PF13432)mitochondrial
246197.MXAN_1557(PF13000)ER
246197.MXAN_3159PF04916ER
246197.MXAN_4842(PF00069)(mitochondrial)
246197.MXAN_4841(PF00069)(mitochondrial)
246197.MXAN_4847(PF13539)(mitochondrial)
246197.MXAN_4207(PF00149)ER
246197.MXAN_7514(PF13646)ER
246197.MXAN_1577(PF00069)(mitochondrial); (plastid)
246197.MXAN_0197(PF00512)ER
246197.MXAN_4433(PF13365)ER
246197.MXAN_0881(PF11617)ER
246197.MXAN_3058(PF13646)(mitochondrial); plastid
246197.MXAN_2908(PF15780)mitochondrial
246197.MXAN_4414(PF00668) (PF00550) (PF13745)
246197.MXAN_5043(PF13948)ER
246197.MXAN_1923(PF13432)ER
246197.MXAN_0523(PF13205)(mitochondrial)
246197.MXAN_4799PF02412ER
246197.MXAN_5380(PF01833)ER
246197.MXAN_1603(PF00550) (PF08659)(plastid)
246197.MXAN_1607(PF00668) (PF00550) (PF13745)
246197.MXAN_4165(PF00512)ER
246197.MXAN_0267(PF00149)ER
246197.MXAN_0720(PF00512)mitochondrial; (mitochondrial)
246197.MXAN_5975(PF15780)ER
246197.MXAN_5852(PF00512)ER
246197.MXAN_4591(PF00069)mitochondrial
246197.MXAN_4592(PF07993) (PF00668) (PF00550)
246197.MXAN_4596(PF00668) (PF00550) (PF13745)
246197.MXAN_4598(PF00668) (PF00550)(mitochondrial)
246197.MXAN_0550(PF13646)ER
246197.MXAN_3906(PF11617)ER
246197.MXAN_4366(PF04187)mitochondrial
246197.MXAN_4364(PF02872)ER
246197.MXAN_1623(PF00675) (PF05193)(ER)
246197.MXAN_7459(PF08123)ER
246197.MXAN_6855(PF00512)(mitochondrial)
246197.MXAN_3736(PF14559)ER
246197.MXAN_2177(PF00069)(ER)
246197.MXAN_5778(PF00512)ER
246197.MXAN_5194PF02412ER
246197.MXAN_4648PF16697(mitochondrial)
246197.MXAN_6647(PF13365)mitochondrial
246197.MXAN_3692(PF00158) (PF02954) PF16697
246197.MXAN_2619(PF13432)(mitochondrial)
246197.MXAN_3964(PF13365)mitochondrial
246197.MXAN_0110(PF13091)ER
246197.MXAN_0116(PF00158) (PF02954) PF16697
246197.MXAN_6257(PF12706)ER
246197.MXAN_1183(PF01564)ER
246197.MXAN_0856(PF03544)ER
246197.MXAN_1327(PF13432)ER; (ER)
246197.MXAN_2368(PF00512)mitochondrial; (mitochondrial)
246197.MXAN_2090PF02412(ER)
246197.MXAN_1665(PF00782)ER
246197.MXAN_0130(PF11617)ER
246197.MXAN_5442(PF07504)mitochondrial
246197.MXAN_2423(PF08309)ER
246197.MXAN_5467(PF00149)ER
246197.MXAN_1144(PF13432)ER
246197.MXAN_4514(PF00149)mitochondrial; (plastid)
246197.MXAN_7359(PF01509)(mitochondrial)
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246197.MXAN_0888(PF00149)ER
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246197.MXAN_6845(PF03544)ER
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246197.MXAN_3234(PF13432)ER
246197.MXAN_6269(PF13646)ER
246197.MXAN_1129(PF00512)ER
246197.MXAN_3000(PF14559)ER
246197.MXAN_2353PF03169ER
246197.MXAN_3913(PF00271)(ER)
246197.MXAN_4579(PF00512)ER
246197.MXAN_1706(PF13418)ER
246197.MXAN_5887(PF13365)(ER)
246197.MXAN_0296(PF13365)(mitochondrial)
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246197.MXAN_6658(PF11617)ER
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246197.MXAN_5680(PF00158)mitochondrial
246197.MXAN_2084(PF13365)ER
246197.MXAN_5357(PF13000)ER
246197.MXAN_5359(PF12706)(ER); (plastid)
246197.MXAN_2883(PF14099)ER
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246197.MXAN_0010(PF09587)ER
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246197.MXAN_3400(PF13598) PF13600
246197.MXAN_6805(PF00163)(mitochondrial)
246197.MXAN_0663(PF12706)(ER)
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246197.MXAN_4196(PF00158) (PF02954)
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246197.MXAN_3811(PF00158) (PF02954)
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246197.MXAN_3381(PF00158) (PF02954)
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246197.MXAN_3712(PF00675) (PF05193)
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246197.MXAN_6747(PF13432) (PF14559)
246197.MXAN_1141(PF00675) (PF05193)
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246197.MXAN_4981(PF05189) (PF01137)
246197.MXAN_0172(PF00158) (PF02954)
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246197.MXAN_2465(PF07719) (PF14559)
246197.MXAN_1167(PF00158) (PF02954)
246197.MXAN_6396(PF02801) (PF00109)
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246197.MXAN_2870(PF00932)(ER)
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246197.MXAN_4768(PF02801) (PF00109)
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246197.MXAN_2680(PF03544) (PF00069)
246197.MXAN_2687(PF00512)(plastid)
246197.MXAN_3887(PF12158)(ER)
246197.MXAN_1565(PF00158) (PF02954)
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246197.MXAN_6352(PF13365)(ER)
246197.MXAN_0180(PF00158) (PF02954)
246197.MXAN_4899(PF00158) PF16697
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246197.MXAN_1855(PF01833)plastid
246197.MXAN_4178(PF07724) (PF10431)
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246197.MXAN_2257(PF00498)(ER)
246197.MXAN_0737(PF00176) (PF00271)
246197.MXAN_5960(PF00487)(plastid)
246197.MXAN_5968(PF14413) (PF04446)
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246197.MXAN_0960(PF00069)
246197.MXAN_4214(PF12706)
246197.MXAN_1976(PF00730)
246197.MXAN_7299(PF00487)
246197.MXAN_5144(PF01739)
246197.MXAN_6169(PF16912)
246197.MXAN_2910(PF00069)
246197.MXAN_2911(PF00069)
246197.MXAN_3201(PF00498)
246197.MXAN_2000(PF14559)
246197.MXAN_2001PF16697
246197.MXAN_3203(PF00498)
246197.MXAN_3202(PF00069)
246197.MXAN_1580(PF00932)
246197.MXAN_2156(PF00069)
246197.MXAN_0239(PF09348)
246197.MXAN_0238(PF09348)
246197.MXAN_7170(PF03544)
246197.MXAN_3272(PF00069)
246197.MXAN_5750PF10520
246197.MXAN_0392(PF13646)
246197.MXAN_5723(PF14237)
246197.MXAN_0755(PF00069)
246197.MXAN_4097(PF07478)
246197.MXAN_0535(PF00271)
246197.MXAN_6637(PF00550)
246197.MXAN_2399(PF00069)
246197.MXAN_4399(PF00498)
246197.MXAN_6822(PF11838)
246197.MXAN_3709PF05761
246197.MXAN_2254(PF14388)
246197.MXAN_2252PF02807
246197.MXAN_0883(PF00498)
246197.MXAN_0733(PF00512)
246197.MXAN_6619(PF06745)
246197.MXAN_3390(PF00487)
246197.MXAN_2621(PF00498)
246197.MXAN_2629(PF00498)
246197.MXAN_5392PF12388
246197.MXAN_4371(PF00069)
246197.MXAN_4373(PF00069)
246197.MXAN_5117(PF10672)
246197.MXAN_0276(PF03544)
246197.MXAN_0279(PF02033)
246197.MXAN_6264(PF06127)
246197.MXAN_5766(PF13432)
246197.MXAN_5184(PF00512)
246197.MXAN_5188(PF02482)
246197.MXAN_0712(PF00512)
246197.MXAN_0713(PF01739)
246197.MXAN_5982(PF11838)
246197.MXAN_6980(PF02954)
246197.MXAN_4635(PF04519)
246197.MXAN_4637(PF04519)
246197.MXAN_4636(PF04519)
246197.MXAN_6674(PF00932)
246197.MXAN_6671(PF00012)
246197.MXAN_6183(PF00069)
246197.MXAN_1125(PF05185)
246197.MXAN_3915(PF03544)
246197.MXAN_5517(PF00069)
246197.MXAN_5515(PF04187)
246197.MXAN_5886(PF00069)
246197.MXAN_1653(PF00487)
246197.MXAN_0295(PF13365)
246197.MXAN_6866(PF00512)
246197.MXAN_6865(PF00512)
246197.MXAN_6241(PF01564)
246197.MXAN_5741(PF07478)
246197.MXAN_4839(PF00271)
246197.MXAN_1467(PF00069)
246197.MXAN_0336(PF00512)
246197.MXAN_6654(PF14234)
246197.MXAN_3020(PF07993)
246197.MXAN_3974(PF00512)
246197.MXAN_0820(PF03544)
246197.MXAN_1712(PF12706)
246197.MXAN_4337(PF00069)
246197.MXAN_1678(PF01916)
246197.MXAN_5530PF14771
246197.MXAN_4482(PF00069)
246197.MXAN_7462(PF14216)
246197.MXAN_6224(PF02954)
246197.MXAN_2418(PF13091)
246197.MXAN_2141(PF13365)
246197.MXAN_1190(PF00512)
246197.MXAN_4815(PF02482)
246197.MXAN_1330PF16697
246197.MXAN_1441(PF00154)
246197.MXAN_1449(PF03544)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 13.875 (111/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================