Metamenu

Effective results for Pedobacter heparinus DSM 2366 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 359
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 60 eukaryotic-like domains, contained in 359 proteins (83 high, 276 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
485917.Phep_3979PF02278 PF02884 (PF08124)ER
485917.Phep_3972PF02278 PF02884 (PF08124)ER
485917.Phep_3785PF05089 PF12972 PF12971ER
485917.Phep_3401PF05089 PF12972 PF12971ER
485917.Phep_0786PF02278 PF02884 (PF08124)ER
485917.Phep_1614(PF02838) (PF13287) (PF00728)ER
485917.Phep_3863PF02278 PF02884 (PF08124)ER
485917.Phep_3656(PF02838) (PF13287) (PF00728)ER
485917.Phep_2638(PF02838) (PF13287) (PF00728)ER
485917.Phep_3583(PF02012) PF13088ER
485917.Phep_2885(PF16499) (PF05345)ER
485917.Phep_3112(PF02838) (PF00728)ER
485917.Phep_1839(PF16499) (PF05345)ER
485917.Phep_3577(PF02012) PF13088ER
485917.Phep_0784PF02278 PF02884ER; (ER)
485917.Phep_1158(PF12708) (PF00295)ER
485917.Phep_2840PF02278 PF02884ER
485917.Phep_0434(PF02838) (PF00728)ER
485917.Phep_1175(PF02838) (PF00728)ER
485917.Phep_2718(PF02838) (PF00728)ER
485917.Phep_1292(PF11721) (PF02836)(mitochondrial); (plastid)
485917.Phep_2279(PF02838) (PF00728)ER
485917.Phep_1388(PF02838) (PF00728)ER
485917.Phep_3250(PF02838) (PF00728)ER
485917.Phep_0715(PF16499) (PF05345)ER
485917.Phep_3399(PF02838) (PF00728)ER
485917.Phep_2838PF02278 PF02884ER
485917.Phep_2833(PF16332) PF07940ER
485917.Phep_2816(PF11721) (PF02836)ER
485917.Phep_2990(PF07715)ER
485917.Phep_1581(PF00295)ER
485917.Phep_4106(PF07715)mitochondrial; (ER)
485917.Phep_4101(PF07715)ER
485917.Phep_0331PF07940ER
485917.Phep_3000(PF07715)ER
485917.Phep_3223(PF14592)ER
485917.Phep_2603PF07940ER
485917.Phep_2600(PF07715)ER
485917.Phep_2353(PF00578)ER
485917.Phep_3754(PF12708)ER
485917.Phep_3200(PF07715)ER
485917.Phep_2773(PF05592)ER
485917.Phep_2776(PF05336)ER
485917.Phep_2779PF13088ER
485917.Phep_1078(PF00578)ER
485917.Phep_1074(PF07715)mitochondrial; (mitochondrial)
485917.Phep_1076(PF00578)ER
485917.Phep_1856(PF07715)ER
485917.Phep_1985(PF00578)ER
485917.Phep_1325(PF00578)ER
485917.Phep_1328(PF07715)ER
485917.Phep_4139(PF07715)ER
485917.Phep_0581(PF11028)ER
485917.Phep_0710(PF07715)mitochondrial; (mitochondrial)
485917.Phep_4006(PF07715)ER
485917.Phep_0328(PF07715)(ER)
485917.Phep_0816(PF07715)ER
485917.Phep_3108PF07470ER
485917.Phep_3584PF13088ER
485917.Phep_3746(PF05345)ER
485917.Phep_2345(PF07715)ER
485917.Phep_3367(PF07715)ER
485917.Phep_3365(PF14307)ER
485917.Phep_3363(PF07715)ER
485917.Phep_3361(PF14307)ER
485917.Phep_3693(PF07715)ER
485917.Phep_3966(PF07715)mitochondrial
485917.Phep_3961PF07940ER; (ER)
485917.Phep_3963PF07470ER
485917.Phep_2409PF07940ER
485917.Phep_1993(PF00578)ER
485917.Phep_4126(PF07715)ER
485917.Phep_0959(PF05592)ER
485917.Phep_0956(PF07715)mitochondrial; (mitochondrial)
485917.Phep_0950(PF07715)mitochondrial
485917.Phep_2888(PF00295)ER
485917.Phep_2881(PF06439)ER
485917.Phep_2882PF07470(ER)
485917.Phep_3596(PF07715)ER
485917.Phep_2372(PF07715)ER
485917.Phep_3110(PF07715)ER
485917.Phep_3113(PF00295)ER
485917.Phep_3371(PF07715)ER
485917.Phep_2408PF07940ER
485917.Phep_2153PF16117ER
485917.Phep_3978PF07470ER
485917.Phep_3977(PF12708)ER
485917.Phep_3976(PF05592)ER; (ER)
485917.Phep_3974(PF05592)ER
485917.Phep_3973PF17132ER
485917.Phep_2352(PF07715)(ER)
485917.Phep_0830(PF07715)ER
485917.Phep_1300(PF07715)ER
485917.Phep_0120(PF07715)(ER)
485917.Phep_0942PF17132ER
485917.Phep_2963(PF07715)ER
485917.Phep_2893(PF07715)ER
485917.Phep_2699(PF14498)ER
485917.Phep_2783PF03629ER
485917.Phep_2782(PF02836)ER
485917.Phep_2781(PF05592)ER
485917.Phep_2784PF13088ER
485917.Phep_3783(PF00295)ER
485917.Phep_3789(PF07715)mitochondrial
485917.Phep_0790PF07470ER
485917.Phep_1311(PF07168)ER
485917.Phep_1310(PF15979)(ER)
485917.Phep_1315PF03629ER
485917.Phep_1316(PF15979)ER
485917.Phep_3579(PF07715)ER
485917.Phep_3770PF03629ER
485917.Phep_3773(PF07715)(mitochondrial)
485917.Phep_3172(PF07715)(mitochondrial)
485917.Phep_3310(PF07715)ER
485917.Phep_2553(PF07715)ER
485917.Phep_2223PF13088mitochondrial; ER
485917.Phep_2226(PF07715)ER
485917.Phep_2227PF13088(mitochondrial)
485917.Phep_3402PF05089 PF12972 PF12971
485917.Phep_2139(PF07715)mitochondrial
485917.Phep_3797PF07940mitochondrial; (mitochondrial)
485917.Phep_1036(PF07715)ER
485917.Phep_1816(PF02836)ER
485917.Phep_0813(PF14498)ER
485917.Phep_0789(PF14592)ER
485917.Phep_1362(PF07715)(mitochondrial); plastid
485917.Phep_2239(PF10022)(ER); ER
485917.Phep_0567(PF01436)ER; (ER)
485917.Phep_0566(PF07715)ER
485917.Phep_0964(PF05592)ER
485917.Phep_0961PF07940ER
485917.Phep_0960PF07470ER
485917.Phep_0213(PF07715)ER
485917.Phep_2238PF07470ER
485917.Phep_2306PF07470ER
485917.Phep_2304PF17132ER
485917.Phep_2303(PF05592)ER
485917.Phep_2300PF07470ER
485917.Phep_2308PF03629ER
485917.Phep_1021(PF06439)ER
485917.Phep_1153(PF07715)ER
485917.Phep_0770(PF07715)ER
485917.Phep_0176(PF07715)ER
485917.Phep_1454(PF04041)(mitochondrial)
485917.Phep_0103(PF16661)(mitochondrial)
485917.Phep_1574(PF07715)ER
485917.Phep_1459PF07940ER
485917.Phep_0519PF13088ER
485917.Phep_0517(PF07715)(ER)
485917.Phep_1579(PF00295)ER
485917.Phep_0997(PF07715)ER
485917.Phep_2844(PF07715)ER
485917.Phep_2845PF07470ER
485917.Phep_0199(PF07715)ER
485917.Phep_0226(PF07715)ER
485917.Phep_0220(PF07715)ER
485917.Phep_0221(PF07715)ER
485917.Phep_3887(PF05592)ER
485917.Phep_2206(PF06439)ER
485917.Phep_2202(PF06439)ER
485917.Phep_1017(PF06439)ER
485917.Phep_1015(PF07715)ER
485917.Phep_2927(PF11028)ER
485917.Phep_0763(PF07715)ER
485917.Phep_0760PF03629ER
485917.Phep_4131(PF07715)ER
485917.Phep_1580(PF00295)ER
485917.Phep_0506(PF02836)ER
485917.Phep_1792(PF13910)ER
485917.Phep_2856(PF00578)ER
485917.Phep_2854(PF07715)mitochondrial
485917.Phep_0432(PF15071)ER
485917.Phep_0438(PF05193)mitochondrial; (mitochondrial)
485917.Phep_3633(PF07715)ER
485917.Phep_2692(PF12708)ER
485917.Phep_3987(PF13905)ER
485917.Phep_3982(PF05592)ER
485917.Phep_2698(PF14498)ER
485917.Phep_2456(PF00578)ER
485917.Phep_2210PF03629ER
485917.Phep_2214PF13088ER
485917.Phep_2216PF13088mitochondrial
485917.Phep_2218(PF07715)ER
485917.Phep_1918(PF07715)mitochondrial
485917.Phep_1354(PF13905)ER
485917.Phep_1359(PF01436)ER
485917.Phep_1358(PF01436)ER
485917.Phep_3536(PF07715)ER
485917.Phep_3993(PF00578)ER
485917.Phep_3992(PF00578)ER
485917.Phep_3996(PF07715)(mitochondrial); mitochondrial
485917.Phep_3849PF03629ER
485917.Phep_2710(PF07715)ER
485917.Phep_2717(PF02836)ER
485917.Phep_1294(PF02836)ER
485917.Phep_1295(PF10022)ER
485917.Phep_1296PF07470(mitochondrial)
485917.Phep_1291PF03629ER
485917.Phep_1298(PF07715)ER
485917.Phep_2871(PF06439)ER
485917.Phep_0255(PF07715)ER
485917.Phep_2672(PF06439)ER
485917.Phep_2677(PF05193)ER
485917.Phep_2676(PF05193)ER
485917.Phep_3877(PF07715)ER
485917.Phep_3875(PF07715)ER
485917.Phep_3871(PF02836)ER
485917.Phep_2702(PF16401)(ER)
485917.Phep_2700(PF02836)(mitochondrial)
485917.Phep_2497PF13088ER
485917.Phep_2498(PF07715)ER
485917.Phep_1607(PF06439)ER
485917.Phep_1281(PF07715)ER
485917.Phep_1289PF07470ER
485917.Phep_4096PF17132ER
485917.Phep_0080(PF07715)ER
485917.Phep_0084(PF02836)ER
485917.Phep_0464(PF07715)ER
485917.Phep_4144(PF05193)ER
485917.Phep_0264(PF00578)ER
485917.Phep_3516(PF05193)ER
485917.Phep_2649PF07470ER
485917.Phep_2645(PF07715)ER
485917.Phep_2641(PF07715)(mitochondrial)
485917.Phep_2249(PF07715)mitochondrial
485917.Phep_2241(PF07715)ER
485917.Phep_2244(PF07715)ER
485917.Phep_3865(PF02836)ER
485917.Phep_3864PF07470ER
485917.Phep_3866PF07470ER
485917.Phep_1121(PF07715)ER
485917.Phep_1126(PF07715)ER
485917.Phep_1124(PF07715)(ER); (mitochondrial)
485917.Phep_0725(PF07715)ER
485917.Phep_0722(PF00578)ER
485917.Phep_2817(PF14498)ER
485917.Phep_1703PF13088ER
485917.Phep_2810(PF07715)ER
485917.Phep_1259(PF07715)(mitochondrial)
485917.Phep_1708(PF07715)ER
485917.Phep_0474(PF07715)(mitochondrial)
485917.Phep_0472(PF14099)ER
485917.Phep_3252PF03629ER
485917.Phep_3253PF13088ER
485917.Phep_3258(PF07715)ER
485917.Phep_2650PF07940ER
485917.Phep_2652(PF07715)ER
485917.Phep_2654PF07940ER
485917.Phep_3492PF17132(mitochondrial)
485917.Phep_3384(PF07715)(mitochondrial)
485917.Phep_3386(PF00578)ER
485917.Phep_2722(PF07715)mitochondrial
485917.Phep_1130(PF06439)ER
485917.Phep_2829(PF07715)ER
485917.Phep_1710(PF00295)ER
485917.Phep_0441(PF07715)ER
485917.Phep_0445(PF07715)ER
485917.Phep_0449PF07470ER
485917.Phep_2283(PF07715)(mitochondrial)
485917.Phep_2530(PF07715)mitochondrial
485917.Phep_2759(PF05592)ER
485917.Phep_2757(PF02836)ER
485917.Phep_1657(PF13905)ER
485917.Phep_1659(PF07715)mitochondrial; (mitochondrial)
485917.Phep_2839PF07470ER
485917.Phep_2835(PF14099)(ER)
485917.Phep_2834(PF09224)ER
485917.Phep_2830PF07470ER
485917.Phep_0907(PF00578)ER
485917.Phep_0905(PF07715)ER
485917.Phep_0452PF07470ER
485917.Phep_2221(PF07715)ER
485917.Phep_1500(PF07715)mitochondrial
485917.Phep_0058(PF07715)ER
485917.Phep_2555PF17132ER
485917.Phep_0056(PF05193)ER
485917.Phep_3650(PF06439)ER
485917.Phep_2299(PF07715)mitochondrial; (mitochondrial)
485917.Phep_2523(PF00578)ER
485917.Phep_2294PF07470ER
485917.Phep_2749PF17132ER
485917.Phep_2743PF03629ER
485917.Phep_2741PF07470ER
485917.Phep_0435(PF05970) PF02689
485917.Phep_0852(PF01715)(mitochondrial)
485917.Phep_3109(PF01182)(mitochondrial)
485917.Phep_2887(PF16499) (PF05345)
485917.Phep_4011(PF07715)plastid
485917.Phep_2560(PF07715)(mitochondrial)
485917.Phep_0570(PF07715)(ER)
485917.Phep_0207(PF05970) PF02689
485917.Phep_0787(PF07715)(plastid)
485917.Phep_0146(PF01531)(mitochondrial)
485917.Phep_0965(PF05336)(mitochondrial)
485917.Phep_1971(PF01531)(mitochondrial)
485917.Phep_1800(PF07715)(ER)
485917.Phep_0501(PF07715)(mitochondrial)
485917.Phep_2079(PF07715)(ER)
485917.Phep_2667(PF07715)(mitochondrial)
485917.Phep_3466(PF12681)(mitochondrial)
485917.Phep_2243(PF07715)plastid
485917.Phep_1253(PF02012) PF13088
485917.Phep_2818(PF12708) (PF00295)
485917.Phep_2526(PF07715)(mitochondrial)
485917.Phep_3497(PF07715)(ER)
485917.Phep_4109(PF16011)
485917.Phep_4103(PF10022)
485917.Phep_2516(PF07715)
485917.Phep_1674(PF01182)
485917.Phep_1983(PF07715)
485917.Phep_2987(PF07221)
485917.Phep_2981(PF01436)
485917.Phep_1699(PF01182)
485917.Phep_0717(PF00295)
485917.Phep_4004(PF04041)
485917.Phep_1991(PF07715)
485917.Phep_1443(PF07221)
485917.Phep_1537(PF12899)
485917.Phep_2374PF07453
485917.Phep_1945(PF16661)
485917.Phep_0305(PF07715)
485917.Phep_1933PF16117
485917.Phep_0973(PF13906)
485917.Phep_4266(PF00578)
485917.Phep_2897(PF09537)
485917.Phep_2050(PF01715)
485917.Phep_1797(PF02171)
485917.Phep_0774(PF01182)
485917.Phep_1578PF17132
485917.Phep_1771(PF12681)
485917.Phep_3886PF17132
485917.Phep_2928(PF00578)
485917.Phep_1589(PF05193)
485917.Phep_0343(PF07715)
485917.Phep_2694PF07470
485917.Phep_3984(PF04041)
485917.Phep_3981(PF07715)
485917.Phep_0754(PF07715)
485917.Phep_1590(PF05193)
485917.Phep_0528(PF00578)
485917.Phep_1722(PF04041)
485917.Phep_4020(PF05336)
485917.Phep_0880(PF00578)
485917.Phep_0732(PF07715)
485917.Phep_1938(PF15610)
485917.Phep_4097PF07470
485917.Phep_4143(PF16401)
485917.Phep_4142(PF01182)
485917.Phep_1383(PF07715)
485917.Phep_3251(PF07221)
485917.Phep_2659(PF09537)
485917.Phep_3493(PF05336)
485917.Phep_2252PF14360
485917.Phep_2621(PF09537)
485917.Phep_3989(PF07715)
485917.Phep_3983(PF07221)
485917.Phep_0908(PF13905)
485917.Phep_0050(PF05193)
485917.Phep_3406(PF07715)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================