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Effective results for Pedobacter sp. BAL39 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 418
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 53 eukaryotic-like domains, contained in 418 proteins (83 high, 335 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
391596.PBAL39_12708PF16334 PF16335 PF08760 PF17168ER
391596.PBAL39_16931PF16334 PF16335 PF08760 PF17168ER
391596.PBAL39_14649(PF09112) (PF09113)ER
391596.PBAL39_07655(PF14684) (PF03572)ER
391596.PBAL39_10726(PF14684) (PF03572)ER
391596.PBAL39_13954(PF04542) (PF08281)mitochondrial
391596.PBAL39_22770PF07971 (PF14683)ER
391596.PBAL39_05578(PF14684) (PF03572)ER
391596.PBAL39_05868PF16334 PF16335 PF08760 PF17168
391596.PBAL39_00350(PF07715)(ER); ER
391596.PBAL39_21845PF14360ER
391596.PBAL39_24505(PF07715)ER
391596.PBAL39_18224(PF00930)ER
391596.PBAL39_00552(PF14307)ER
391596.PBAL39_13342(PF13899)ER
391596.PBAL39_10261PF09822ER
391596.PBAL39_13762(PF00930)ER
391596.PBAL39_09411(PF07715)ER
391596.PBAL39_20184PF00578ER
391596.PBAL39_02142(PF07715)ER
391596.PBAL39_08574(PF11028)ER
391596.PBAL39_10880(PF07715)ER
391596.PBAL39_06651(PF07715)mitochondrial; (mitochondrial)
391596.PBAL39_09426(PF03663)ER
391596.PBAL39_20194(PF07715)mitochondrial; (mitochondrial)
391596.PBAL39_16499(PF05592)ER
391596.PBAL39_03005(PF07715)ER
391596.PBAL39_21000PF07971ER
391596.PBAL39_18899PF07971ER
391596.PBAL39_03774(PF07715)ER
391596.PBAL39_07780(PF03200)ER
391596.PBAL39_09221(PF15071)ER
391596.PBAL39_07870(PF07715)ER
391596.PBAL39_24525(PF03572)ER
391596.PBAL39_12945(PF07715)ER
391596.PBAL39_24355(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_20339(PF07715)ER
391596.PBAL39_23407(PF16313)ER
391596.PBAL39_11447(PF13899)ER
391596.PBAL39_19429PF00578ER
391596.PBAL39_25060(PF00728)ER
391596.PBAL39_21010(PF07715)ER
391596.PBAL39_11717(PF00930)ER
391596.PBAL39_00300(PF07715)ER
391596.PBAL39_24685PF00578ER
391596.PBAL39_24228(PF07715)ER
391596.PBAL39_14389(PF07715)ER
391596.PBAL39_03829(PF07715)ER
391596.PBAL39_14384(PF01833)ER
391596.PBAL39_14679(PF00707)(mitochondrial)
391596.PBAL39_23898(PF07715)ER
391596.PBAL39_23963(PF01120)ER
391596.PBAL39_18164(PF07715)ER
391596.PBAL39_20304(PF07715)ER
391596.PBAL39_20960(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_09841(PF00930)ER
391596.PBAL39_13397(PF13884)ER
391596.PBAL39_19419PF00578ER
391596.PBAL39_22160PF00578ER
391596.PBAL39_16631(PF07715)mitochondrial
391596.PBAL39_07215PF07971ER
391596.PBAL39_04418(PF07715)ER
391596.PBAL39_00952(PF07715)ER
391596.PBAL39_04638(PF03572)ER
391596.PBAL39_21200PF00578(ER); ER
391596.PBAL39_19439(PF07715)(mitochondrial); mitochondrial
391596.PBAL39_00080(PF07715)ER
391596.PBAL39_24258(PF00728)ER
391596.PBAL39_17199(PF07715)mitochondrial; (mitochondrial)
391596.PBAL39_13145(PF07715)ER
391596.PBAL39_18599PF13905ER
391596.PBAL39_23953(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_23427PF09822(ER); ER
391596.PBAL39_13030PF13905ER
391596.PBAL39_19714(PF03572)ER
391596.PBAL39_18970(PF07715)ER; (mitochondrial)
391596.PBAL39_16284(PF07715)ER
391596.PBAL39_07225(PF07715)ER
391596.PBAL39_16519(PF07715)ER
391596.PBAL39_21215(PF07715)mitochondrial
391596.PBAL39_13934(PF01120)ER
391596.PBAL39_15099(PF07715)mitochondrial; (mitochondrial)
391596.PBAL39_23542(PF01103)ER
391596.PBAL39_10601(PF07715)ER
391596.PBAL39_18109PF00578ER
391596.PBAL39_20369PF00578ER
391596.PBAL39_08626(PF07715)ER
391596.PBAL39_14294(PF07715)ER
391596.PBAL39_06616(PF13906)(mitochondrial)
391596.PBAL39_18639(PF07715)mitochondrial
391596.PBAL39_10915(PF07715)ER
391596.PBAL39_12513(PF00930)ER
391596.PBAL39_21170(PF07715)ER
391596.PBAL39_22145(PF04253)ER; (ER)
391596.PBAL39_03514(PF01833)(mitochondrial)
391596.PBAL39_07985(PF07715)ER
391596.PBAL39_24490(PF07715)ER
391596.PBAL39_00517(PF07715)ER; (ER)
391596.PBAL39_22887(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_20970PF00578ER
391596.PBAL39_20975PF07971ER
391596.PBAL39_10766(PF07715)ER
391596.PBAL39_14444(PF04041)ER
391596.PBAL39_23442(PF07715)mitochondrial; (mitochondrial)
391596.PBAL39_13125PF00578ER
391596.PBAL39_01487(PF02485)ER
391596.PBAL39_14914(PF05592)ER
391596.PBAL39_12728(PF07715)(ER); (mitochondrial)
391596.PBAL39_22150(PF07715)ER
391596.PBAL39_12187(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_00632(PF07715)ER
391596.PBAL39_22085PF00578ER
391596.PBAL39_07085(PF07715)ER
391596.PBAL39_07550(PF07715)ER
391596.PBAL39_01077(PF00488) PF05192(ER)
391596.PBAL39_20349(PF04542) (PF08281)(mitochondrial)
391596.PBAL39_18124(PF03572)ER
391596.PBAL39_17834PF00578ER
391596.PBAL39_18904(PF05592)ER
391596.PBAL39_16741(PF01103)ER
391596.PBAL39_04948(PF01103)ER
391596.PBAL39_25210(PF08491)(ER)
391596.PBAL39_03409(PF07715)ER
391596.PBAL39_24580PF00578ER
391596.PBAL39_09026(PF07715)(ER)
391596.PBAL39_24293(PF07715)ER
391596.PBAL39_15864(PF03572)ER
391596.PBAL39_18484(PF07715)ER
391596.PBAL39_10925(PF07715)ER
391596.PBAL39_13210(PF13899)ER
391596.PBAL39_17599(PF16117)ER
391596.PBAL39_09811PF00578ER
391596.PBAL39_18809(PF07715)ER
391596.PBAL39_03090(PF16313)ER
391596.PBAL39_03384PF00578ER
391596.PBAL39_00270(PF07715)ER
391596.PBAL39_00120PF09822ER
391596.PBAL39_08661(PF07715)ER
391596.PBAL39_05448(PF01120)ER
391596.PBAL39_12935PF13905mitochondrial
391596.PBAL39_00490PF07971ER
391596.PBAL39_09721(PF01103)ER
391596.PBAL39_12648(PF01103)ER
391596.PBAL39_24128PF00578ER
391596.PBAL39_16239PF00578ER; (ER)
391596.PBAL39_07385PF07971ER
391596.PBAL39_16781(PF07715)ER
391596.PBAL39_03464(PF07715)ER
391596.PBAL39_11302(PF13884)(ER)
391596.PBAL39_05148(PF07715)ER
391596.PBAL39_15024(PF07715)ER
391596.PBAL39_00642(PF01833)ER
391596.PBAL39_10306(PF07715)ER
391596.PBAL39_10011(PF07715)ER
391596.PBAL39_18264(PF07715)ER
391596.PBAL39_14004(PF07715)ER
391596.PBAL39_10276(PF07715)(ER)
391596.PBAL39_00732PF13905ER
391596.PBAL39_10786(PF01120)ER
391596.PBAL39_18689(PF16387)ER
391596.PBAL39_13782(PF04041)(mitochondrial)
391596.PBAL39_10870(PF07715)ER
391596.PBAL39_06176(PF00728)ER
391596.PBAL39_19305(PF11028)ER
391596.PBAL39_24600PF00578ER
391596.PBAL39_25605(PF07715)ER
391596.PBAL39_07595PF00578ER
391596.PBAL39_00105PF09822ER
391596.PBAL39_14764(PF07715)ER
391596.PBAL39_19909(PF07715)ER
391596.PBAL39_10840(PF07715)ER
391596.PBAL39_06741(PF07715)ER
391596.PBAL39_12222(PF13899)ER
391596.PBAL39_06746(PF01833)(ER)
391596.PBAL39_18699(PF07715)ER
391596.PBAL39_14164(PF01120)ER
391596.PBAL39_14169(PF01103)ER
391596.PBAL39_24385(PF04450)ER
391596.PBAL39_03554(PF07715)(mitochondrial); (plastid)
391596.PBAL39_12358PF13905ER
391596.PBAL39_18879PF07971ER
391596.PBAL39_25385(PF01103)(ER)
391596.PBAL39_21665PF09822ER
391596.PBAL39_07370(PF07715)ER
391596.PBAL39_10071(PF07715)ER
391596.PBAL39_01377(PF02485)(mitochondrial)
391596.PBAL39_13522PF07971ER
391596.PBAL39_17954(PF01103)ER
391596.PBAL39_21915(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_09981(PF07715)ER
391596.PBAL39_14999(PF01120)ER
391596.PBAL39_18844(PF07715)ER
391596.PBAL39_16269PF00578ER
391596.PBAL39_16264PF13905ER
391596.PBAL39_07750(PF07715)ER
391596.PBAL39_22245(PF07715)ER
391596.PBAL39_07245(PF05592)ER
391596.PBAL39_23752(PF06101)(mitochondrial)
391596.PBAL39_00165PF00578ER
391596.PBAL39_24575PF00578(mitochondrial)
391596.PBAL39_13407(PF13884)ER
391596.PBAL39_22837(PF07715)mitochondrial
391596.PBAL39_23837(PF07715)mitochondrial
391596.PBAL39_20279(PF07715)ER
391596.PBAL39_24168(PF03572)ER
391596.PBAL39_24365(PF16313)ER
391596.PBAL39_19679(PF07715)ER
391596.PBAL39_08976(PF07715)ER
391596.PBAL39_12373(PF07715)ER
391596.PBAL39_24188(PF07715)ER
391596.PBAL39_02262PF07971ER
391596.PBAL39_16581(PF01103)ER
391596.PBAL39_20460(PF07715)ER
391596.PBAL39_18985(PF00728)ER
391596.PBAL39_07320(PF13653)ER
391596.PBAL39_07630(PF04542) (PF08281)(mitochondrial)
391596.PBAL39_03489(PF07715)ER
391596.PBAL39_03020(PF07715)ER
391596.PBAL39_22235PF00578ER
391596.PBAL39_22230PF00578ER
391596.PBAL39_12930(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_10181(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_20269PF00578(plastid)
391596.PBAL39_13185(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_13347(PF00728) (PF13287)
391596.PBAL39_07310(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_22917(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_19449(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_11732(PF13899)(ER)
391596.PBAL39_23402(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_03819(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_18709(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_24345(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_08791(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_12398(PF07715)(ER)
391596.PBAL39_12383(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_13944(PF07715)(ER)
391596.PBAL39_14409(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_20204(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_13165(PF07715)(plastid)
391596.PBAL39_06641(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_19424PF00578(plastid)
391596.PBAL39_03010(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_09121PF07971(ER)
391596.PBAL39_22565(PF00488) PF05192
391596.PBAL39_06811(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_19899(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_23417(PF00488) PF05192
391596.PBAL39_24038(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_16831(PF01833)(ER)
391596.PBAL39_11897(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_07210(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_03374(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_21205(PF16313)(mitochondrial)
391596.PBAL39_07690(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_22570PF09822(mitochondrial)
391596.PBAL39_20950(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_22795(PF03663)(mitochondrial)
391596.PBAL39_20314(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_23422(PF00488) PF05192
391596.PBAL39_14284(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_06061(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_11777(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_23047(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_10356(PF03572)(ER)
391596.PBAL39_01272(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_13155(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_06051(PF07715)(ER)
391596.PBAL39_16616(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_25450(PF05970) PF02689
391596.PBAL39_16294(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_07235(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_16504(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_21225(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_08195(PF00488) PF05192
391596.PBAL39_15089(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_00040(PF01120)(mitochondrial)
391596.PBAL39_00195(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_00607(PF07715)(plastid)
391596.PBAL39_20019(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_23847(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_23332(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_07880(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_00070(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_05398(PF07715)plastid
391596.PBAL39_23452(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_23692(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_00702(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_24108(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_18909(PF04041)(mitochondrial)
391596.PBAL39_22585(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_05838(PF07715)(plastid)
391596.PBAL39_11327(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_10101(PF05970) PF02689
391596.PBAL39_06441(PF00728) (PF13287)
391596.PBAL39_10251(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_18799(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_00712(PF07715)(plastid)
391596.PBAL39_10815(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_25095(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_03529(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_16791(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_07575(PF00488) PF05192
391596.PBAL39_16424(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_09036(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_14144(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_05858(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_07360(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_07560(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_12413(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_00260(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_20289(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_10491(PF04450)(mitochondrial)
391596.PBAL39_03474(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_03479(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_07600PF00578(plastid)
391596.PBAL39_02670(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_00255(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_15014(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_14019(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_17704(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_07580(PF00488) PF05192
391596.PBAL39_22255(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_00110(PF00488) PF05192
391596.PBAL39_17086(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_20470(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_07620(PF07715)(mitochondrial)
391596.PBAL39_04139(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_01182(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_00692(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_22595(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_09401(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_16876(PF04542) (PF08281)
391596.PBAL39_11722PF00578
391596.PBAL39_01202(PF00707)
391596.PBAL39_14814(PF07715)
391596.PBAL39_01302(PF15610)
391596.PBAL39_06786PF00578
391596.PBAL39_07490(PF09537)
391596.PBAL39_09041(PF03572)
391596.PBAL39_18779(PF03572)
391596.PBAL39_00672(PF04041)
391596.PBAL39_22115(PF08281)
391596.PBAL39_07200(PF07715)
391596.PBAL39_23082(PF09537)
391596.PBAL39_23792PF07971
391596.PBAL39_14419(PF07715)not used
391596.PBAL39_14259(PF03200)
391596.PBAL39_14879(PF04542)
391596.PBAL39_17264(PF07715)
391596.PBAL39_18629(PF08281)
391596.PBAL39_02102(PF00310)
391596.PBAL39_23227PF00578
391596.PBAL39_03364(PF04542)
391596.PBAL39_16514PF13905
391596.PBAL39_05118(PF07715)
391596.PBAL39_00185(PF07715)
391596.PBAL39_15259(PF04542)
391596.PBAL39_22892PF00578
391596.PBAL39_24243(PF16011)
391596.PBAL39_01587(PF01715)
391596.PBAL39_12980(PF03572)
391596.PBAL39_06911(PF01715)
391596.PBAL39_20374PF00578
391596.PBAL39_20169(PF04542)
391596.PBAL39_16194(PF03663)
391596.PBAL39_02905PF00578
391596.PBAL39_20004(PF07715)
391596.PBAL39_18654PF09822
391596.PBAL39_19694(PF04542)
391596.PBAL39_02627PF00578
391596.PBAL39_03399PF13905
391596.PBAL39_07940(PF07715)
391596.PBAL39_05388(PF04041)
391596.PBAL39_10741(PF08281)
391596.PBAL39_24715(PF07715)
391596.PBAL39_20359(PF07715)
391596.PBAL39_18489(PF16313)
391596.PBAL39_14154(PF07715)
391596.PBAL39_17229(PF07715)
391596.PBAL39_24118(PF07715)
391596.PBAL39_16174(PF14328)
391596.PBAL39_06156(PF04542)
391596.PBAL39_02720(PF14307)
391596.PBAL39_02655(PF07715)
391596.PBAL39_19325(PF04542)
391596.PBAL39_03389(PF03572)
391596.PBAL39_03899(PF00728)
391596.PBAL39_20294PF00578
391596.PBAL39_06546(PF01103)
391596.PBAL39_07415(PF09537)
391596.PBAL39_22295PF00578
391596.PBAL39_07700(PF07715)
391596.PBAL39_16434(PF07715)
391596.PBAL39_14314PF00578
391596.PBAL39_02092(PF00310)
391596.PBAL39_02097(PF00310)
391596.PBAL39_13310(PF07715)
391596.PBAL39_19270(PF00488)
391596.PBAL39_19310PF00578
391596.PBAL39_25615(PF08281)
391596.PBAL39_07585PF09822
391596.PBAL39_15174(PF13899)
391596.PBAL39_15554(PF03572)
391596.PBAL39_24565PF13905
391596.PBAL39_18429(PF04542)
391596.PBAL39_22800PF07971
391596.PBAL39_20094(PF07715)
391596.PBAL39_16866(PF07715)
391596.PBAL39_25280(PF13884)
391596.PBAL39_25575(PF07715)
391596.PBAL39_07330(PF07715)
391596.PBAL39_07240(PF05592)
391596.PBAL39_22902(PF07715)
391596.PBAL39_18854(PF07715)
391596.PBAL39_03334(PF07715)
391596.PBAL39_20515(PF05592)
391596.PBAL39_02995PF07971

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================